El río Barbadun está avanzando gradualmente en su saneamiento mejorando su agua, aumentando el oxígeno y reduciendo los nutrientes nocivos.
En los últimos seis años, el río ha contado con un estado ecológico y químico notable. La eliminación de los vertidos de Petronor por el desvío del colector y el uso de la depuradora de Muskiz, han logrado que haya una gran mejoría en la calidad del estuario.
A lo largo de estos años, se han identificado 24 familias de peces y 12 crustáceos, entre las que se encuentran las especies de bailloni, chopa, lenguado senegalés y erla.