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La calidad del aire en Muskiz es similar a la atmósfera del resto de municipios urbanos de baja o moderada contaminación de Euskadi. Así lo determina el informe presentado por la UPV-EHU en el propio ayuntamiento de Muskiz. El estudio lo ha realizado el Grupo de Ingeniería Química de la facultad de Ciencia Químicas de la universidad vasca.
El estudio ha recogido muestras, en la calle La Estación y en San Julián de Musques, desde julio de 2011 hasta junio de 2012. Según el estudio la calidad del aire en Muskiz es similar a la atmósfera de municipios urbanos de baja o moderada contaminación, y ha sido buena o admisible en el 92% de los días. Entre los aspectos observados se han identificado 18 elementos, algunos propios de ambientes salinos próximos al mar, como el sodio, magnesio, potasio, estroncio… y otros elementos de origen antropogénico: hierro, arsénico, antimonio, bario, cadmio, cobre, cobalto, etc. Cabe mencionar que la dirección del viento es determinante en la caracterización de las muestras.
Los COV, compuestos orgánicos volátiles, se encuentran en concentraciones bajas-moderadas en comparación con los de otros ambientes urbanos. El único COV regulado por la legislación es el benceno, estableciendo un límite medio anual de 5 microgramos/metro cúbico. En este sentido, las mediciones de benceno más elevadas en Muskiz han dado un valor cuatro veces menor que el límite establecido.
En cuanto a los contaminantes fisicoquímicos (ozono, óxidos de nitrógeno, dióxido de azufre) el informe indica que los resultados obtenidos están dentro de los límites establecidos por la legislación. Cabe destacar que la concentración de ozono en Muskiz es comparable a la de entornos rurales.